Jedním architektonickým rozdílem mezi standardy IS-2000 a IS-95 je fakt, že IS-2000 explicitně volá funkce čtyř rozdílných vrstev protokolů. Tyto vrstvy jsou fyzická vrstva, vrstva řízení přístupu k přenosovému médiu, vrstva řízení přístupu k signalizačnímu médiu a vyšší vrstva.

Fyzická vrstva (Physical layer) – vrstva 1: Fyzická vrstva je zodpovědná za odesílání a příjem jednotlivých bitů fyzickým médiem. Protože fyzickým médiem je v tomto případě vzduch, vrstva má za úkol modulací převést bity do formy vlnění, aby je bylo možno vzduchem přenést. Fyzická vrstva navíc poskytuje kódovací funkce, které odhalují chyby na úrovni bitů a rámců.

Vrstva řízení přístupu k přenosovému médiu (MAC – Medium Access Control) – vrstva 2: MAC podvrstva řídí přístup vyšších vrstev k fyzickému přenosovému médiu, které je sdíleno různými uživateli. MAC vrstva zde poskytuje analogickou funkci jako MAC podvrstva v lokálních sítích (LAN). Zatímco LAN MAC řídí přístup různých počítačů ke sdílené sběrnici, IS-2000 MAC podvrstva řídí přístup různých (nízko rychlostní hlasové služby a vysokorychlostní datové služby) uživatelů ke sdílenému vzdušnému přenosovému médiu.

Vrstva řízení přístupu k signalizačnímu médiu (Signaling Link Access Control - LAC) – vrstva 2: LAC podvrstva je zodpovědná spolehlivost signalizačních (nebo přídavných) zpráv, které si entity vyměňují. Připomeňme, že vzdušné médium je značně náchylné na chyby, takže informační zprávy jsou někdy přijaty s chybami. Protože ale signalizační zprávy poskytují důležité řídící funkce, musí být spolehlivě odeslány a přijaty. LAC podvrstva provádí řadu funkcí, které zabezpečují spolehlivé přijetí signalizačních zpráv.

Vyšší vrstva (Upper Layer) – vrstva 3: Vyšší vrstva zabezpečuje celkové řízení systému IS-2000. Toto řízení vykonává tím, že slouží jako bod, který zpracovává všechny signalizační zprávy a vytváří nové. Informační (hlasové i datové) zprávy jsou také přenášeny skrze vrstvu 3.

Standard IS-95 nepopisuje explicitně a odděleně funkci každé vrstvy. Nicméně tyto funkce v IS-95 existují. V IS-95 například MAC podvrstva samozřejmě existuje, ale její popis je zahrnut spolu s ostatními funkcemi v jediném standardu.

Je zde otázka, proč nebyla tato vrstevnatá architektura použita v IS-95, zatímco v IS-2000 již použita je. Tato vrstevnatá architektura je v IS-2000 použita z toho důvodu, protože přinesla systém do konfrontace s 3G architekturou navrhnutou IMT-2000. Soustava IMT-2000 vyzývá ke spolupráci různých typů sítí za účelem poskytování služeb koncovým uživatelům. Úroveň a dosah těchto kooperací je mnohem přehledněji organizován, když se k němu přistupuje z perspektivy vrstevnaté architektury. Dobře definované funkce vrstev poskytují systému modularitu. Pokud vrstva provádí pouze své funkce a poskytuje očekávané služby, implementace jejích specifických funkcí mohou být modifikovány nebo nahrazeny bez nutnosti změn ve vyšších a ve vyšších vrstvách.

Obrázek 2.1 zobrazuje strukturu architektury protokolů použitých v IS-2000. Tento obrázek je zobrazen z perspektivy mobilní stanice; podobný obrázek by mohl být nakreslen z perspektivy základnové stanice otočením směru šipek a změnou umístění některých entit. Povšimněte si tří různých vrstev (Layer 1, 2 a 3), dvou podvrstev vrstvy 2 (MAC a LAC), entit ve vrstvách [například Signaling Radio Burst Protocol (SRBP)] a komunikačních cest mezi vrstvami a entitami. Dále si všimněte, že struktura vrstev v obrázku se podobá referenčnímu modelu ISO/OSI.